Introdução: A escoliose idiopática do adolescente (EIA) é uma deformidade complexa da coluna e está associada a menor capacidade funcional de exercício e também às doenças cardíacas assintomáticas. Estudos mostram que alterações posturais podem influenciar a variabilidade da frequência cardíaca (VFC), bem como o exercício físico. Ainda não há estudos sobre a VFC em indivíduos com EIA. Avaliou-se a VFC de repouso e após exercício físico em indivíduos com EIA em comparação com indivíduos saudáveis.Métodos: Estudo transversal, que avaliou 28 voluntárias do sexo feminino com idade de 10 a 16 anos, sendo 18 com EIA e 10 do grupo controle. Para mensurar a VFC em repouso foi usado um cardiofrequencímetro da marca polar (V800), utilizando protocolo de avaliação do fabricante, a VFC em repouso foi registrada em posição supino por 10 minutos e sentado por 5 minutos. Foi realizado o Incremental Shuttle Walk Test, seguindo as recomendações da American Thoracic Society e após o término a VFC foi registrada na posição sentado por 5 minutos. Os dados foram avaliados descritivamente e apresentados como média e desvio-padrão ou como mediana. Para comparação das médias ou medianas das variáveis foi utilizado o teste t não pareado ou Mann-Whitney. Para comparação das médias ou medianas das variáveis da VFC entre o momento de repouso e após o exercício, foi utilizado o teste t pareado ou Wilcoxon, respectivamente. A probabilidade de erro alfa foi estipulada em 5%.Resultados: O grupo controle apresentou diferenças nos momentos repouso supino e pós exercício e repouso sentado e pós exercício nas variáveis RRmed, FCmed, HF %, HF nu e LF/HF. Apresentou diferença no momento repouso sentado com pós exercício na variável HF (hz) e HF (ms) e diferença no momento repouso supino com pós exercício nas variáveis NN50, LF (nu) e SD1. O grupo escoliose apresentou diferença nos momentos repouso supino e pós exercício e repouso sentado e pós exercício na variável RRmed, FCmed. Assim como apresentou diferença entre o momento em repouso supino e pós exercício nas variável NN50. Na comparação entre os grupos EIA e controle foi observado diferença estatística entre os grupos nas variáveis HF (hz), HF (nu), LF (%), LF (nu) e LF/HF apenas no momento pós exercício. Conclusão: Podemos concluir que há diferença da VFC no momento repouso comparando com pós exercício em ambos os grupos. O grupo controle apresenta no momento pós exercício maior atividade do componente simpático, sugerindo maior competência do sistema autonômico, se ajustando de forma mais eficiente as necessidades do exercício.